由于对原有手工业务流程的重新设计，ERP系统的实施在很大程度上改变了企业的业务流程。在ERP系统实施以前，许多企业基于计算机的业务系统，基本都是围绕某一业务功能或者是职能部门运行的，比如销售系统、采购系统和财务系统等。这些系统都不是基于跨部门的流程来设计的。ERP系统实现了从采购到付款、订单的获取到发票的开出等业务集成，实现了跨职能部门业务处理。 
在这种情况下，ERP系统中单一的数据库，使过去跨部门的审批流程得到简化和压缩。压缩所造成的一个结果是，用于企业内部控制的许多审计线索在ERP系统的引入后消失了。同时，企业过去基于文件审批的内部控制机制，也无法适应ERP基于流程的管理需要。更重要的是，由于企业的业务运作更加依赖于ERP系统，这种依赖和信息系统本身特点所导致的脆弱性，形成了企业新的业务风险。 
实施ERP系统后，企业所遇到的业务风险一般来自四个方面：业务流程、应用架构、数据质量和技术架构。其中，业务流程的转变对企业内部控制的影响最大，对企业内部管理和财务方面的监控提出了新的要求，这方面的风险特征相比过去发生了根本性的变化。例如，在ERP系统中，通过对手工流程的机器处理，比如审批处理自动化等，进一步增强了完成各种业务流程的效率。但是，在新的业务执行环境中，这些审批处理自动化方法将改变企业内部原有的一些风险特征，这时相应的内部控制体系就需要重新评估和设计。 
内部控制蕴涵新的风险
ERP实行的是流程化的管理，打破了原来职能部门的条块分割，实现了企业资源的统一管理和共享。企业的运行和管理在一定程度上已经交给了ERP系统来进行控制。 
这样一来，一方面导致企业所处的内部风险环境发生了变化，过去手工状态下的控制风险，由于ERP系统的引入而变得更加复杂；另一方面，ERP系统的实施需要对原有的业务流程进行优化和设计，改变了企业的组织结构。 
流程优化的目的就是减少或合并流程中重复的、不增值的环节，原有的基于手工作业流程中有利于控制的重复环节将消失，这样一来内部控制体系会发生变化。这些变化必然对企业内部的整体控制体系的有效性产生负面影响。在这种情况下，就需要企业对基于ERP系统的关键业务流程的内部控制进行定期的审核，确认是否存在足够的有效控制以降低由于ERP系统的使用而带来的业务风险。 
定内部控制目标
针对由ERP系统实施所带来的新的业务控制风险，我们需要对企业内部控制体系做重新评估和完善。ERP系统实施之后，内部控制评估的目标通常包括下面这些内容： 
1.利用风险评估手段重新确定企业中关键的业务流程； 
2.对整个流程和控制的设计进行评估，确定这些控制是否很好地满足和支持最终业务目标的实现； 
3.对岗位职责分离的评估，确保在整个流程中存在正确的稽核点和平衡点，对敏感业务交易给出足够的访问限制； 
4.评估控制方式是否合理，比如基于手工流程的控制和基于系统的自动控制是否搭配合理。