1999年6月，“北京市工商行政管理局财务管理信息系统”开始实施。实施过程具体划分为以下5个阶段，即制定计划、试点运行、用户培训、正式运行、评审验收。实施工作中强调在各步骤建立规范和详尽的实施文档，从而更准确地反映用户需求、更高效地完成阶段任务、更稳健地达到实施目标。

第一阶段：明确目标和制定实施计划

双方讨论软件实施过程潜在的各种风险，并对风险性高低做出评价，最终制定出实施计划和进度，尽可能避免出现风险。

第二阶段：试点运行

为了保证系统的运行成功，双方决定选取西城和宣武两区的工商局进行试点运行。通过试运行期间的磨合，用户熟悉了软件功能，并且在实际业务中的问题也得以及时解决。

第三阶段：用户培训

7月初，实施小组制定了全面的用户培训计划，组织北京市工商行政管理局下属19家分局财务人员集中进行了培训，包括软件中一些先进的管理思想、软件功能、业务流程等；对总局系统管理员进行了数据库维护、网络安全等技术培训。

第四阶段：正式运行

8月开始在全系统进行推广，在双方的共同努力下，9月初，全市19个分局全部通过了试运行并正式投入使用。

第五阶段：审查验收

9月底，北京市工商行政管理局财务管理信息系统验收成果会在京召开。来自财政部、国家工商行政管理局、北京市各行政主管单位的领导出席了新闻发布会。北京市工商行政管理局王纪平局长和用友软件集团王文京总裁代表双方在验收报告上签字，此次验收标志着北京市工商局成功实现网络财务管理，在“电子政务”方面又迈出了可喜的一步。